Gimė 1925 m. vasario 8 d. Gargžduose, čia baigė progimnaziją. 1948 m. įstojo į Vilniaus universitetą, studijavo lietuvių literatūrą. Mokslus tęsė TSRS MA M. Gorkio pasaulinės literatūros instituto aspirantūroje ir 1956 m. apgynė filologijos mokslų kandidato disertaciją. Tolesnę mokslinę ir kūrybinę veiklą visam laikui susiejo su Mokslų akademijos Lietuvių kalbos ir literatūros institutu, ilgą laką jam vadovavo.

Kartu su akademiku K. Korsaku redagavo „Lietuvių literatūros istorijos“ IV tomą, parašė didelių literatūrologijos darbų: „Literatūra ir humanistiniai idealai“, „Eduardo Mieželaičio poezija“, „Vinco Mykolaičio-Putino kūryba“. Didžiausias mokslininko įnašas – į dramaturginio pobūdžio literatūros tyrinėjimus – parengė monumentalius dramaturginės literatūros studijų darbus: „Lietuvių tarybinė dramaturgija“, „Lietuvių dramaturgijos raida“.

Akademiko veikalai buvo įvertinti Lietuvos valstybinėmis premijomis. 1995 m. buvo apdovanotas Didžiojo Lietuvos kunigaikščio Gedimino III laipsnio ordinu.

Jonas Lankutis mirė 1995 m. kovo 5 d. Vilniuje. 2000 m. Klaipėdos rajono savivaldybės viešajai bibliotekai buvo suteiktas Jono Lankučio vardas.

Gargždų miesto garbės piliečio vardas Jonui Lankučiui suteiktas po mirties – 2003 m. rugpjūčio 11 d.